馬里熱帶流行病多見，更為嚴重的是惡性瘧疾、霍亂、腦膜炎以及各種兒童疾病。2009年，瘧疾發病率26.84%, 0-5歲兒童脊髓灰質炎發病率低于十萬分之二，肺結核診斷率29%，麻風病例萬分之一，艾滋病感染率為1.3%。建議來馬前在出入境防疫中心接種建議疫苗。注意飲食起居、加強體育鍛煉，增強身體免疫力，注意防蚊蟲叮咬。日常自備防瘧藥品，遇有發熱及忽冷忽熱現象及時就醫，防止瘧疾漏診。勤洗手，注意飲食衛生，防止病從口入。

 

馬里自2014年10月23日出現第一例埃博拉確診病例后，共確診埃博拉病例7例，其中5人死亡，2人治愈。鑒于最后一名患者于2014年12月6日痊愈出院后42天內未出現新病例，馬衛生部長與世界衛生組織駐馬代表于2015年1月18日宣布解除馬里埃博拉疫情。但包括馬鄰國幾內亞在內的西非三國（幾內亞、利比里亞、塞拉利昂）疫情仍未完全得到控制，且馬未關閉與幾邊境，馬仍存病毒輸入風險，須提高警惕，加強防范，避免與他人肢體接觸，勤用肥皂洗手。

 

如有發熱等不適癥狀，應立即就醫或撥打馬里埃博拉專線：80008989、80008888或80007777。

 

馬里醫療衛生條件差，缺醫少藥情況嚴重，尤以農村和邊遠地區為甚。截至2013年，馬里擁有醫院70家（其中國家級4家，大區級6家），市鎮衛生中心826個。首都巴馬科主要醫療機構有法國巴斯德診所、杜爾醫院、G 點醫院、卡地醫院、馬里綜合醫院等。其中馬里綜合醫院為中國援建，建筑面積7216平方米，150張床位，2010年9月醫院交付使用。根據中馬雙方協議，第23批援馬醫療隊全體醫護人員現在該醫院執行援馬醫療任務。此前的21批醫療隊人員曾經分別在卡地、錫加索和馬爾卡拉三所醫院工作。

 

馬里人民藥房（Pharmacie Populaire du Mali）為馬里最大的連鎖藥店。另外私人藥店較多，中國人經營的多家藥店均以批發為主。

 

馬里第三共和國成立后，為減輕國家財政負擔對公費醫療制度進行了改革：公務員就醫，國家報銷80%住院費，其余自理；非公務員就醫費用自理。2011年5月1日起，馬里進行醫療保險重大改革，推行強制醫療保險（AMO），由國家、雇主、個人定期按工資3.06%(退休人員0.75%)繳費建立公基金，由馬里社會發展、互助和老齡部社會保險署（INPS）統籌，具體由馬里醫療保險局（CANAM）管理，該醫療保險體系將報銷參保病人70%的藥費，80%的住院費。保險不僅覆蓋投保人，還包括其直系親屬。

 

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