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1999年1月27日馬外長迪米特羅夫在臺北同臺灣偽外長胡志強簽署“建交公報”；2月8日馬政府正式批準“建交公報”，我于2月9日宣布同馬中止外交關系。
2000年5月31日～6月5日，應外交學會邀請，馬其頓首都斯科普里市市長、自民黨主席佩諾夫訪華。除北京外，佩還訪問了斯市友好城市南昌市。
12月18日～20日，應馬其頓首都斯科普里市市長佩諾夫的邀請，南昌市市長劉偉平率南昌市友好訪問團訪馬。馬總統特拉伊科夫斯基、總理蓋奧爾吉埃夫斯基、議長安多夫和前總統格里戈羅夫分別會見，佩諾夫市長與劉偉平市長簽署兩市關于進一步發展友好合作交流備忘錄。
馬、臺“建交”后，馬總理蓋奧爾吉埃夫斯基、議長克里莫夫斯基、副總理圖普爾科夫斯基及外交部長、文化部長、國防部長等分別訪臺。2000年5月20日，馬議長克里莫夫斯基率團出席陳水扁“就職”典禮。1999年，臺“行政院長”蕭萬長和“外長”胡志強訪馬。2000年6月臺新“外長”田弘茂訪馬；11月臺“副外長”李大維訪馬。馬臺已簽署長期經濟合作協定、避免雙重征稅協定、保護投資協議、海關合作協定和“外交部”合作議定書等。馬臺互設“使館”，現為“公使級”。馬駐臺“公使”莫達努，臺駐馬“公使”鄭博久。
2001年3月21日，聯合國安理會通過了關于馬其頓局勢問題的第1345號決議。中國投了贊成票。
2001年3月23日，我外交部發言人就馬其頓及周邊地區安全局勢發表談話，譴責極端分子的武裝暴力行動，對馬其頓和南斯拉夫政府對當前局勢的擔憂及對國家主權和領土完整的關切表示理解，對馬、南及有關國家為解決緊張局勢所作的努力表示歡迎，強調中國政府一貫主張尊重包括馬、南在內的該地區各國的主權和領土完整，保障各民族的合法權益，在全面執行安理會第1244號決議的基礎上妥善解決相關問題。
2001年6月18日，馬其頓外長米特雷娃和中國外長唐家璇在北京簽署《中華人民共和國和馬其頓共和國關于實現關系正常化的聯合公報》，馬同臺灣斷絕“外交關系”，中馬關系恢復正常。中馬兩國各領域的合作關系逐步恢復。雙方重新互設使館。8月，中國駐馬大使張萬學赴任。馬其頓駐華使館臨時代辦馬爾科夫斯基來華復館。2001年7月，中國外經貿部部長助理何曉衛訪馬。同年12月，馬議會外委會主席博什科夫和克爾斯泰夫斯基副總理分別訪華。
據中國海關總署統計，2001年，中馬貿易額為1041萬美元，同比增長46.7％，其中中方出口1026萬美元，增長63.9％，進口15萬美元，下降82.1％。
【同美國的關系】1993年12月3日，美國在馬其頓首都建立聯絡處，1994年2月正式承認馬。1995年9月13日，馬其頓與美國建立大使級外交關系。1996年3月，美國在馬設立大使館。2001年4月，美國國務卿鮑威爾訪問馬其頓。
【同俄羅斯的關系】1994年1月31日，馬俄建交。1996年12月俄向馬派出首任大使。1998年1月，馬總統格利戈羅夫訪俄，雙方簽署了友好合作聲明。
【同歐盟的關系】馬把加入歐盟作為對外政策的優先目標之一，大力發展同歐盟國家的關系。1996年1月，馬與歐盟建立外交關系；6月，同歐盟草簽經貿合作協定。1997年4月，歐盟與馬正式簽署經貿合作協議。2000年4月，馬同歐盟簽署了《穩定和聯系條約》，成為巴爾干國家中第一個簽署此類條約的國家。 馬爆發安全危機后，歐盟積極翰旋，外交與安全政策高級代表索拉納多次訪馬，促成馬有關各方簽署和平框架協議。
【同北約的關系】加入北約是馬對外政策的主要目標之一，1998年5月加入北約“和平伙伴關系”。1999年，北約部隊進駐馬，并駐扎至今。馬爆發安全危機后，北約積極翰旋幫助解決馬危機，與歐盟一道促成馬有關各方簽署和平框架協議，收繳阿族武器，并負責保護歐盟和歐安組織在馬觀察員。秘書長羅伯遜多次訪馬。
【同鄰國的關系】馬主張在相互尊重主權、領土完整、互不干涉內政的原則基礎上，同鄰國保持等距離的睦鄰友好關系。
同希臘的關系：馬獨立后，希臘認為馬其頓是地理概念，其范圍包括希臘的北部地區，堅決反對將“馬其頓”或“馬其頓”的派生詞作為馬的國名。1995年9月13日，在聯合國秘書長特使萬斯的主持下，馬希在聯合國簽署了兩國關系正常化的《臨時協議》。但雙方就馬國名問題的談判迄未取得實質性進展。兩國經濟關系正常發展。2001年2月，希臘外長帕潘德里歐訪馬；3月，希國防部長措哈佐普羅斯訪馬。
同保加利亞的關系：1992年1月15日，保承認馬并與之建交，但不承認馬其頓民族和馬其頓語。1993年4月，格利戈羅夫總統訪保。2000年4月，保國防部長諾埃夫訪馬；5月，保總統斯托揚諾夫訪馬，雙方簽署包括文化領域合作協定在內的9個協議和《科索沃危機聯合宣言》；10月，馬國防部長帕烏諾夫斯基訪保；12月，馬外長凱里姆訪保。2001年馬爆發安全危機后，保表示支持馬國家主權和領土完整。
同阿爾巴尼亞的關系：1993年4月26日，阿承認馬，12月24日，馬阿建交。1994年2月，馬其頓阿族提出成立阿語大學，阿爾巴尼亞表示支持，并要求馬政府滿足阿族要求。馬認為成立阿語大學違背馬的憲法，阿的要求是對馬內政的干涉，從此馬阿關系停滯不前。2000年1月，阿爾巴尼亞、馬其頓和南聯盟黑山總理在馬會晤。6月，阿公安部長波齊訪馬；7月，馬總理蓋奧爾吉埃夫斯基訪阿。
同南斯拉夫的關系：1996年4月8日，馬南建交。馬是原南地區第一個同南實現關系正常化的國家。2000年10月，南總統科什圖尼察赴馬首都斯科普里出席東南歐國家首腦會議。11月，馬外長迪米特羅夫訪南。2001年2月馬南正式簽署兩國邊界協議。
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