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【憲 法】2001年12月23日，科摩羅通過獨立以來第四部憲法，決定在維護國家統一和領土完整基礎上成立由大科摩羅、昂儒昂、莫埃利和馬約特四島組成的科摩羅聯盟。聯盟國徽由紅、黃、蘭、白四色，四顆五角星和一個綠十字組成。各島享有除外交、國防、宗教、國籍、貨幣、國家象征以外的高度自治權。聯盟設一名總統和2－3名副總統。總統為政府首腦和軍隊最高統帥，由各島輪任，任期四年。
【議 會】 國民議會為聯盟立法機構，議員通過直接選舉產生，主要職能包括：討論通過國家法律、國家預算、及政府各項法案、宣布戰爭狀態等。2004年3月和4月，科分別舉行地方和全國議會選舉。在此次全國議會議會選出的18名議員中，支持阿扎利總統的科摩羅復興公約黨有6人，反對黨11人，獨立候選人1人。另外，三個自治島行政長官分別指派5名議員直接進入議會。2004年6月，科國民議會成立，莫埃利島議員賽義德·杜瓦菲爾·布努（Said Dhoifir Bounou）當選為議長。
【政 府】 本屆政府于2002年6月成立，2003年2月、2004年7月、10月三次改組，共10人。主要成員有：總統阿扎利，負責團結、衛生、人口、勞動、社會保障和國家改革部的聯盟行政機構和昂儒昂自治島之間的協調人、副總統卡比·埃爾-亞克魯圖·穆罕默德（Caabi El-Yachroutu Mohamed），負責司法、伊斯蘭事務、人權部的聯盟行政機構和莫埃利自治島之間的協調人、副總統本·馬蘇恩迪·拉希德（Ben Massoundi Rachid），外交合作部國務部長蘇埃夫·穆罕默德·埃爾－阿明（Souef Mohamed El-Amine），財政和預算部國務部長阿哈馬迪·阿布杜勒巴斯多伊（Ahamadi Abdoulbastoi），國防、領土安全、戰略基礎設施、通訊和交通部以及負責與議會關系的國務部長胡默德·穆賽迪埃( Houmed M’Saidié )，經濟、對外貿易、振興工業和就業部國務部長馬烏拉納·沙里夫（Maoulana Charif），農村發展、漁業、手工業和環境部國務部長穆罕默德·阿布杜勒哈米德（Mohamed Abdoulhamid），計劃和領土整治部國務部長賽義德·哈穆扎（Said Hamza），國民和高等教育、科研部國務部長、聯盟政府發言人亞哈亞·穆罕默德·伊利阿薩(Yahaya Mohamed Iliassa)。
【行政區劃】 共分為三個自治島（不含馬約特），各島由行政長官領導。島下設縣、鄉、村，全國共有15個縣、24個鄉。三個島為大科摩羅島（7個縣）、昂儒昂島（5個縣）和莫埃利島（3個縣）。馬約特島目前仍被法國占領。
【司法機構】 科聯盟憲法規定，聯盟總統在高級司法委員會協助下保證司法獨立。最高法院是聯盟和各島的司法、行政和財政等問題的最高審判機關，法官終身任職。憲法法院審查聯盟及各島法律的合憲性，審判選舉爭議，裁決聯盟機構之間、聯盟與各島間有關權限問題的爭議。聯盟總統、副總統、國民議會議長及各島行政長官各指定一名憲法法院法官。憲法法院院長由憲法法院法官選出，任期6年，可連任。
【政 黨】 政黨注冊登記手續不嚴格，多數政黨平時基本無活動，目前有近50多個政黨和政治團體。主要有：
（1）科摩羅復興公約（La Conventionpour le Renouveau des Comores）。2002年7月21日成立。由支持阿扎利的政黨、立法區內協調基層政治派別的機構、社會名流和無黨派人士組成。其宗旨是：捍衛國家統一、領土完整和民族和解成果；支持阿扎利總統在其任期內實現消除貧困的社會行動綱領和贏得議會選舉。該黨主要機構有：全國理事會、地區理事會、政治理事會、執行局和常設書記處。總書記：阿布杜·蘇埃夫（Abdou Souef）；政治書記：穆罕默德·阿布杜·蘇瓦馬杜（Mohamed Abdou Soimadou）。
（2）科摩羅民主進步運動（Mouvement pour la Democratie et le Progres）：1988年12月成立，成員多為商人。對內主張實行多黨制，經濟自由化和私有化；對外主張不結盟，睦鄰友好，在相互尊重主權的基礎上發展國家間關系。該黨在阿卜杜拉和喬哈爾執政時期均為反對黨。主席：阿巴斯·尤素夫（Abbas Djoussouf）。
（3）科摩羅民主陣線（Front Democratique des Comores）：1981年成立，全國性政黨。堅持伊斯蘭教理，自稱代表勞動人民的利益。黨的任務是進行民主社會主義革命，建立以多黨制為基礎，保障人的基本自由和權利的法制國家。總書記：穆斯塔法·賽義德·謝克（Moustoifa Said Cheikh）。
（4）科摩羅民主進步黨（Parti Comorien Pour La Democratie Et Le Progres）。1985年成立。宗旨為實現分配均等、社會正義。主席：阿里·姆魯賈埃（Ali Mroudjae）。
其它政黨有舒馬黨、共和黨、社會黨、全國青年陣線、夏威利黨、2000希望黨、賈瓦布黨、全國復興論壇、保衛共和國陣線等。
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